월드미션 프론티어는 1994년 당시 미국의 캘리포니아 실리콘벨리에서 “데이타 링크 시스템”이라는 IT관련 사업체를 운영하며 한국인 교포들을 위하여 "크리스찬 라이프” 기독교 주간 신문을 발행하던 김평육 발행인이 르완다 대학살 전쟁 현장을 취재하는 것으로 시작되었었다.
 

1994년 취재현장에서 6명의 고아들을 양육하고 있는 전쟁 미망인 가파링사 사모를 돕는 것으로 르완다의 어린이 사역이 시작되었다. 한편 탄자니아의 응가라지역과 카라괴지역의 르완다 난민촌 (50만 명)을 방문하고 난민촌 선교사역이 시작되었다.

1994년 부터 2000년까지의 제 1기 사역은 르완다, 우간다, 탄자니아에서 구제사역과 어린이 사역, 그리고 난민촌 신학교 사역에 중점을 두었다. 1999년에는 사역을 중단하기 위해 그동안 설립된 선교센터를 현지인단체에 이양하고 사역을 중단 할 예정이었지만 아프리카 복음화라는 비전을 갖고 제 2기 사역이 계속되었다.

2001년 부터 2011년까지 10년간의 2기사역은 아프리카 복음화대회를 중심사역으로 추진하였다.  이 기간에 사역의 영역이 넓혀져 르완다, 우간다, 탄자니아에 이어 콩고 민주공화국과 부룬디에서도 복음화대회가 개최되었다.10년동안 미국과 한국에서 1500명의 단기선교단이 참가하여 아프리카 5개국에서는 150만 명이 모이는 세미나와 전도집회가 열렸다. 

2006년 부터 2012년까지의 3기 사역은 아프리카 복음화대회를 개최하면서 선교사역의 장기화를 위하여 대규모 선교센터 부지 마련을 추진하면서 아프리카 지도자 한국 초청을 추진하였다. 2006년 부터 2010년까지 450명 정도의 아프리카 지도자들이 한국에 초청하었다. 이 기간에 아프리카 청년들의 한국 대학.대학원 장학사업을 펼쳐 현재까지 91명의 아프리카 청소년들을 한국에 유학하게 하였다.

2013년 부터 2020년까지 제 4기 사역은 그동안 마련한 부지에 선교센터 건축에 집중하며, 건축된 센터에서의 사역을 추진하였다. 이 기간에 르완다에서는 키갈리센터, 카욘자 1.2센터, 야마세키 센터가 설립되고, 우간다에서는 산지센터와 난지가 센터가 설립되었다. 탄자니아에서는 무완자센터, 부코바 센터, 수쿠티센터, 이솔래센터의 부지를 마련하고 건축이 진행되었다. 특히 탄자니아에서는 빅토리아 호수에 병원선 1호선을 완공하고 2호선 건조가 시작되었다. 콩고 민주공화국에서는 고마센터, 베니센터, 부카부센터, 우비라 센터의 부지를 마련하고 사역이 진행되었다.


월드미션 프론티어는 코로나 펜더믹 기간에도 사역은 중단되지 않고 2021년 부터 2030년까지의 사역 목표를 세우고 "비전 2030"의 10대 주요사역을 추진하고 있다.
월드미션 프로티어는 선교회 설립자의 선교정신에 따라 "성령의 통치", "완전한 의탁", "온전한 헌신", "전인적 사랑"이라는 4대 정신을 바탕으로 설립자뿐 아니라 모든 파송선교사와 270명의 현지인 사역자들이 하나가 되어 기도하면 사역하는 선교회로 성장하였다.