연합감리교회는 18세기 영국사회를 복음으로 변화시킨 요한 웨슬레(1703-1791)의 감리교운동에 그 뿌리를 두고 있다. 웨슬레는 가정에서부터 철저한 경건의 훈련을 받았고, 대학시절에는 "신성클럽"을 통해 개인적 경건생활뿐만 아니라 사회적 봉사활동을 적극 실천하였고, 그 후 마음이 뜨거워지는 은혜체험을 통해 개인적 회심의 경험을 중시하게 되었다. 이런 웨슬레의 경험을 바탕으로 감리교전통의 중요한 특징이 한 가지 만들어지게 되는데, 그것은 감리교회에서는 믿음으로 의롭게 되는 칭의(稱義)의 교리와 그 믿음이 실생활에서 열매를 맺어야 한다는 성화(聖化)의 교리가 함께 강조된다는 점이다.

미국에서의 감리교운동은 요한 웨슬레와 그의 동생 찰스가 1735년 미국 조지아 주로 선교를 떠나면서 시작되었다. 그러나 이들은 그곳에서 별 성과를 거두지 못하고 영국으로 돌아가야 했고, 얼마 후 각자 개인적인 회심의 경험을 하게 되었다. 이제 구원의 확신을 얻게 된 웨슬레 형제는 예전과는 다른 리더십을 발휘하면서 영국에서 부흥운동을 주도하였고 삽시간에 수많은 사람들이 감리교운동에 동참하게 되었다. 이 부흥운동에 은혜받은 사람들 중 미국으로 이민 간 사람들이 다수 있었는데, 이들이 1760년경부터 미국에서 교회를 조직하기 시작했다. 한편 미국에 감리교인들이 많아지는 것을 본 요한 웨슬레는 그들을 지원하기 위해 1769년과 1771년에 네 명의 평신도 설교자들을 골라서 미국에 파송하게 되는데, 그중 미국 감리교의 방향을 결정짓게 될 가장 중요한 인물인 애즈베리(Francis Asbury)가 있었다.

1773년에는 미국감리교회 총회가 빌라델피아에서 처음 열렸는데 이때 참석한 10명의 평신도 설교자들은 미국 내의 감리교회가 웨슬레의 신학전통을 따를 것과 자신들이 아직 평신도이기 때문에 교인들에게 성례전을 베풀 수 없는 고로 대신 교인들이 주변의 성공회에 가서 성만찬과 세례식을 받게 할 것을 결정했다.

1775년 미국이 영국에 대항하여 독립전쟁을 일으켰을 때 미국 감리교회는 제도적인 면에서 중요한 변화를 일으킬 필요가 있었다. 영국 왕실을 지지하고 미국의 독립을 반대하는 성공회가 신부들을 본국으로 불러들이자, 당장 미국의 감리교인들은 성만찬과 세례식을 받는 길이 막혀버렸다. 이때까지 미국의 감리교 운동은 안수받은 목사가 전혀 없는 평신도 운동이었기 때문이었다. 미국의 독립이 완결된 후 요한 웨슬레는 코크(Thomas Coke)를 미국으로 보내면서 다른 두 명에게 목사안수를 주어 그를 대동하게 하였고, 그들이 그곳에서 자유로이 감리교인들에게 성례전을 베풀게 함으로써 결과적으로 이것이 미국감리교회가 독립하게 되는 실질적인 수단이 되었다. 1784년 볼티모어에서 “크리스마스 연회”(Christmas Conference)로 불리는 첫 번째 미감리교회(Methodist Episcopal Church) 연회가 열렸는데, 이 회의는 웨슬레의 사상을 따를 것을 천명하지만 사실은 웨슬레와 영국 감리교회에서 독립을 확인하는 것이었다. 이때 교단의 명칭을 Methodist Episcopal Church로 정했고 애즈베리에게 목사안수를 줌과 동시에 그를 총감리사로 세웠다. 그리고 다른 많은 평신도 설교자들에게도 목사안수를 주어 독립교단의 배경을 가지고 전도에 힘쓰게 하였다.

이때부터 감리교회가 남북으로 갈라지는 1844년 이전의 시기는 제2차 대각성운동이 전 미국을 휩쓸 때였다. 감리교는 신학적으로 신앙체험과 엄격한 제자의 도를 강조하고, 제도적으로 평신도 설교자들이 서부개척자들을 따라 자유로이 부흥운동을 하며 교회를 설립하게 하였기 때문에 수적으로나 질적으로 단기간에 급성장할 수 있었다. (1790년 당시 미국인구의 1.47%가 감리교인이었고, 1820년에는 2.79%, 1850년에는 5.37%가 감리교인이었다.) 이 때 속회제도를 비롯해서 주일학교, 신학교, 출판사, 국내외선교단체들의 설립 등 교회생활 전반에 걸쳐 감리교회의 성장이 두드러졌다. 그러나 이런 교세확장과 더불어 심각한 갈등이 빚어지기도 하였는데, 인종차별을 견디다 못한 흑인들이 감리교에서 분리하여 1816년에 African Methodist Episcopal Church를 만들었고, 그와 비슷한 이유로 1821년에 African Methodist Episcopal Zion Church가 생겼다. 1830년에는 5000명가량의 목사와 평신도들이 감독의 권한을 견제하고 연회행정에 평신도의 참여를 보장해야 한다고 주장하면서 Methodist Protestant Church를 만들었다. 이들은 1939년에 남감리교회와 북감리교회가 합칠 때 여기에 함께 연합하여 Methodist Church가 되었다.

1844년에는 감리교회가 노예제도 때문에 남북으로 갈라서게 되었다. 당시 5명의 감독 중 James O. Andrew란 감독이 있었는데, 이 사람이 결혼을 통해 노예를 소유하게 되자 이것이 문제가 되었던 것이다. 총회가 그가 노예를 풀어줄 때까지 감독직을 정지시키기로 결정하자, 노예제도를 지지하는 남부지역들은 따로 모여서 1845년에 남감리교회(Methodist Episcopal Church, South)를 조직하였다. 시민전쟁이 북쪽의 승리로 끝나고 노예제도가 폐지된 후에도 이 두 교단이 합하지 못한 채로 계속 지속되다가 1939년에야 비로소 “감리교회”(Methodist Church)로 통합을 하게 된다.

1968년에 이 “감리교회”와 독일 경건주의에 뿌리를 둔 복음연합형제교회(Evangelical United Brethren Church)가 통합을 하면서 연합감리교회가 창설되었는데, 2007년 현재 연합감리교회는 웨슬레안 전통에 속한 교단 중 가장 큰 교단으로 미국 내 820만명, 아시아, 아프리카, 유럽 등지에 350만명, 총 1170만명의 교인수를 가지고 있다. 미국 내에서는 가톨릭, 남침례교회 다음으로 세 번째로 큰 교단이다.